よく知られているように、UNIXとWindowsでは改行コードがちょいと違います。WindowsからUNIXに持ってくるときは、LFが余計に付いているので、適当なエディタで行の最終文字を消せばいい。 sed -e 's/.$//g'とか。まぁやらなくても^Mってのが見えるだけで実害…